『オートフィルターで検索できる行数について』（花屋）
 オートフィルターで検索できる行数に制限はありますか？
 例えば"ABC"といった英数を含むセルが、シートの5000行目と8000行目にある場合、
 オートフィルターオプションで抽出条件に"ABC"と等しいものと設定して検索を
 行うと、5000行目まではオートフィルターがかかり先頭に表示されるのですが、
 以下、5001行目からはオートフィルターがかかっていない状態で表示されてしまいます。
 オートフィルターがかかっていると行数が青字に反転されるのでわかるのですが、
 5001行目以降は行数が黒字のままなのでオートフィルターが届いていない感じなのですが、
 何か制限をされているのでしょうか？



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 もしかしたらフィルタの範囲が5000行までしか選択されていないのかも。
 「データ」−「フィルタ」−「フィルタオプションの設定」を選択した際、
 リスト範囲はどこまでになっていますか？
 それが5000行までになっていたらオートフィルタの範囲も
 そこまでしか反映されなかったような…。

 その範囲を変えてみてはいかがでしょうか？
 はずしていたらすみません。
 (donadona)　※以前、同様の経験アリ
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 上記、やってみましたがダメでしたね…スミマセン。

 タイトル行も含むオートフィルタをかけたい範囲を選択して、
 もう一度オートフィルタを設定しなおしてもダメでしょうか？
 (donadona)
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 こちらは参考になりますか？　　　（ぷーのすけ）
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http://www.relief.jp/itnote/archives/002203.php